ตำบลคลองทรายตามคำบอกเล่าของคนเฒ่าคนแก่ในตำบลว่า ได้มีสายน้ำอยู่สายหนึ่งได้ไหลมาจากสันเขาควนแดน เส้นแบ่งเขตระหว่างอำเภอนาทวี กับอำเภอสะเดา อาณาเขตระหว่างตำบลคลองทราย กับตำบลเขามีเกียรติ จังหวัดสงขลา ไหลลงสู่ลำคลองใหญ่หมู่ที่ 7 บ้านโต้นนท์ ผ่านหมู่ที่ 4 บ้านใหม่ ผ่านหมู่ที่ 3 บ้านลำพด ผ่านหมู่ที่ 2 บ้านลำชิง ไหลลงสู่หมู่ที่ 1 บ้านคลองทราย และไหลผ่านลงสู่เขตอำเภอจะนะลงทะเลตามลำดับ และการที่น้ำไหลผ่านตามลำคลองนี้ ทุกครั้งน้ำได้พัดพาทรายมากระจัดกระจายอยู่ที่ หมู่ที่ 1 บ้านคลองทรายเป็นจำนวนมาก จึงได้เรียกกันว่า ตำบลคลอง